Šestá válka shinobi byl takřka rok trvající konflikt, který byl na počátku chápan jako spor mezi dvěma nesmiřitelnými protivníky. Na jedné straně stála Unie shinobi, složená z loajalistů, na druhé straně pak tajemná Síť a její spojenci, tedy vesnice, které se postavily proti centralizačním snahám Unie.

Unie Shinobi

Spojenci Sítě

• Summit Pěti Kage: Ameno Uzume je odhalena jako vůdkyně Sítě a veřejně vyhlašuje svůj záměr bojovat proti centralistické Unii. Kazekage a Mizukage se k jejímu záměru připojují. Enkláva klanu Hyuuga v Listové se uzavírá, neboť vedení klanu se obává, že Sarada vesnici povede do nechtěné války.
• Občanské nepokoje v Písečné: Rada Vesnice Skryté v Písku získává informace o možnosti, že mysl Kazekage byla ovlivněna mocnými genjutsu technikami a vyzve Kazekage k rezignaci. Ta obviní Radu ze spolupráce s Únií a zosnování jejího únosu a dochází ke střetům.
• Písečný exil: Daimyo Země Větru ve snaze zachránit své državy před občanskou válkou vyjadřuje podporu Kazekage. Rada vesnice se svými podporovateli hledá ochranu pod křídly jednotek Unie. Kazekage jejich odchod označuje za důkaz o jejich napojení na Unii a označuje Radu a její přívržence za nukeniny. Situace v zemi se stabilizuje, začínají pokusy o pěstování modifikovaných potravin.
• Poprask v Pramenech: Daimyo Země Horkých pramenů se setkává s Ameno Uzume. Obsah jejich jednání není známý, ale podle Oblačné vesnice byl na jejich spojence vyvíjen nátlak, aby vesnice přijala ochranu Sítě, nebo čelila plné invazi ze Země Vody. Oblačná pod záminkou ochrany spojence vstupuje oficiálně na Území Horkých pramenů a pokouší se zjednat řád. Propuká boj a v nastalých zmatcích je zabit feudální pán a jeho dcera a dědička je v doprovodu jednotky shinobi Horkých pramenů dopravena do tajného úkrytu. Oblačná získává kontrolu nad Horkými prameny.
• Oficiální vyhlášení války: Ameno Uzume označuje Oblačnou vesnici za agresora, který silou obsadil území pod ochranou nezávislé vesnice, která chtěla vést mírová jednání s oběma stranami. Síť v odvetě vyhlašuje Oblačné válku a k ní se obratem připojují Vodopádová, Mlžná a Písečná, které oficiálně odstupují od Unie. Listová označuje obvinění za vykonstruované a podporuje Oblačnou.
• Deklarace jednoty: Představitelé Unie shinobi vydávají deklaraci o jednotě shinobi pod praporem společné myšlenky. Podle této deklarace Unie aspiruje zaštiťovat všechny shinobi světa, bez ohledu na jejich vesnickou příslušnost. Součástí deklarace je výzva všem shinobi bojovat proti těm, kteří myšlenkou jednoty opovrhují. Pod Deklaraci se podepisují Raikage, Hokage, zástupci Exilové rady Písečné vesnice a vůdkyně Deštné vesnice. Další skryté vesnice (především Kamenná, Koprová a Travní) s podpisem váhají, neboť se obávají, že je tento závazek vtáhne do nechtěné války. Ani samurajové se nepřipojují, neboť se nepovažují za shinobi, ale nabízejí možnost mediace sporu.
• Neutrální vesnice: Údolní a Mrazová oficiálně vyhlašují neutralitu.
• Invaze v Pramenech: Mlžná vpadá za podpory Sítě a Vodopádové do Země Horkých pramenů a začíná tak první oficiální konflikt Šesté války shinobi.
• Údolní fronta: Listová připravuje operace na podporu Oblačných v Horkých pramenech, ale je znepokojena zprávami o připravovaném útoku Písečných, kteří mají přejít přes Zemi Řek a vpadnout tak unijním silám do týlu. Rozhoduje se pro preventivní zásah na území Země Větru a vstupuje do Země Řek. Kazekage tento akt označuje za agresi a snahu zabrat deklarované neutrální území a taktéž překročí hranice svého východního souseda. Údolní ninjové se rozhodnou bránit v postupu oběma stranám ve snaze ochránit civilní obyvatelstvo jejich země, a dochází ke zmatenému a trojstrannému boji.
• Pomsta Říčního mudrce: Boje na Údolní frontě dál zkomplikuje vpád Deštné vesnice, která se oficiálně snaží podpořit svého Unijního spojence. Vzhledem k tomu, že v Údolní vesnici je mnoho podporovatelů Deštné, dochází k otevřenému rozkolu v silách místních shinobi, v rámci kterých je zabit náčelník Nakamikado. Následující noc se prudce zvednou hladiny řek a smetou bojující shinobi: někteří to považují za komplot Deštné, ovládající říční toky, jiní za pomstu legendárního Říčního mudrce, která v pověstech už jednou takto Zemi Řek ochránil. Cizí shinobi ustupují a v Údolní vesnici dochází na volbu nového náčelníka. Vesnice následně odsuzuje invazi Listové a Deštné a staví se na stranu boje o nezávislost, tedy Sítě.
• Katastrofa v Listové: Na provizorních mírových jednáních v Konohagakure, Vesnici Skryté v Listí, dochází k nečekané vraždě Naruta Uzumakiho. Podle důvěryhodných očitých svědků z obou stran, i dalších důkazů, je vrahem Sarada Uchiha, která svého mentora zabila při jejich roztržce. Ta z místa činu prchla a o obvinění se odmítá bavit, ale oficiálně jej bohužel ani nepopírá. Mluví se o Saradině snaze získat Naruta pro boj na straně Unie a o jejím pokusu jej připravit o ocasatého démona, kterého by využila jako zbraň. Kyubi se ovšem po smrti svého jinchuurikiho ztrácí
• Vzpoura Hyuugů: Okamžitě po odhalení katastrofických následků jednání ve Listové klan Hyuuga označuje Saradu za vražedkyni a válečnou štváčku a jmenuje hlavu klanu, Hyuuga Kakashiho, novým Hokagem. Listový daimyo je ochoten jeho jmenovaní potvrdit, pokud mu zaručí ukončení bojových operací a ochranu Země Ohně a na radě joninů dochází k roztržce, kterou rázně zakončuje příchod Sarady. Daimyo je zastrašen a odmítá se nadále k dění ve vesnici vyjadřovat a Kakashi, aby se vyhnul občanské válce, opouští vesnici. Spolu s ním odchází drtivá část jeho klanu a mnoho jeho dalších příznivců.
• Vstup Kamenné a Koprové do války: V reakci na jednání v Listové se na stranu Sítě přidává spojenectví Kamenné a Koprové, které vnímají Saradinu snahu získat Kyubiho jako riziko, že dojde k dalšímu masovému ničení zemí pomocí extrémně mocných technik, což by mohlo znamenat další hospodářský kolaps. Kamenná tak mimo jiné naplňuje svůj dluh vůči Mlžné a prastaré přátelství mezi Listovou a Koprovou je narušeno.
• Vstup Travní do války: Travní neochotně naplňuje spojenecké smlouvy s Oblačnou a Deštnou a vstupuje do války na straně Unie. Vesnice to považuje za strategický tah, neboť důsledky potenciální invaze přes východní hranici by byly ničivější, než útok ze Západu.
• Podpora Zvučné: Zvučná vesnice neoficiálně navazuje vztahy přímo se Sítí a její bojovníci se začínají objevovat na bojištích na jejich straně. Jak je u Zvučné vesnice zvykem, nedošlo na veřejné vyhlášení spojenectví, ale jejich podpora Sítě je považována za jistou. Země Rýžových polí, domovina zvučné je považována za neprůchodnou, neboť množství pastí a netvorů v lesích se nesmírně navýšilo a nepřátelé i spojenci se oblasti raději vyhýbají.
• Listový exil: Hokage Kakashi nachází útočiště v Koprové a stává se po boku Kamenné a Koprové neochotným spojencem Sítě. Jeho hlavním záměrem je znovusjednocení Listové a vyvedení vesnice z války. Sarada všechny jeho podporovatele označuje za nukeniny.
• Diaspora Vírů: Země Vírů je od smrti Naruta obklopena rozbouřeným mořem, které znemožňuje lodní dopravu a možnost přímé invaze mezi Zeměmi Ohně a Vody. Přicházejí zprávy, že ninjové z Uzushio ve velkém opouštějí ostrovy, ale o jejich cílech nejsou žádné informace.
• Severní fronta: Mlžní jsou bez možnosti zásobování vytlačeni z Horkých pramenů, ale ovládají severní i jižní mořské cesty a navazují lodní komunikaci s Kamennou a Vodopádovou na severu a Písečnou a Údolní na jihu. Hlavní boje se tak přesouvají na hranice Země Mrazu, poslední neutrální vesnici na východ od Kamenné.
• Odhalení v Zemi Mrazu: Po několika střetech je odhaleno, že celá válka byla manipulací Doktora Gyakusatsu, aby mohl snadněji dosáhnout svého cíle, tedy zbavit shinobi chakry. Severní fronta se hroutí na několik názorových skupin. Při střetu mezi zastánci Sarady Uchihy a shinobi, kteří oponují jejímu plánu, je Sarada nakonec poražena a stahuje se do Listové. Zbylí shinobi se obrací proti Doktorovi a Ameno Uzume a poráží je.
• Koncil shinobi: Kakashi Hyuuga se vrací do Listové s cílem usurpovat moc. V Listové se schází velké množství shinobi ze všech zemí a probíhá Koncil shinobi, na kterém je vyhlášeno příměři a Kakashi je poražen. Sarada odstupuje a novým hokage se stává Saburo Hyuuga. Začíná vyjednávání o ukončení války.