Doba Mudrce Šesti cest
Válka přetrvává. Ze všech věcí je tato jistá, ač jsou nejstarší dějiny našeho světa stále ještě jinak z velké části překryté rouškou tajemství. Netušíme, odkud lidé přišli a kam kráčí, víme však, že jejich cesta, je cesta věčného boje, koloběhu utrpení, nenávisti a snahy o nápravu. Válka zde byla před vznikem ninjutsu a bude zde i když poslední z shinobi zmizí z tváře světa. Bude tu, dokud budou lidé.
Tradiční osobou označovanou za původce ninjutsu je Mudrc Šesti cest, moudrá, mocná a enigmatická postava, které se mimo jiné přisuzuje i probuzení plamene chakry v běžných lidech. Tyto domněnky byly potvrzeny díky jeho vlastnímu poselství, které přesáhlo věky, stejně jako komplotu jeho matky, legendární Králičí bohyně, která se na konci Čtvrté války pokusila znovu ovládnout svět.
Zdá se, že Kaguya, Mudrcova matka, byla prvotním zdrojem chakry, díky které měla nesmírnou, prakticky božskou, moc. Tuto chakru získala, když snědla plod posvátného stromu, který podle pověstí vyrostl na krvi padlých, prolité v nekonečných a chaotických bojích toho věku. Zdá se, že si svoji moc nárokovala do té míry, že když se její dva synové narodili se stejnou silou, začala se užírat závistí, která nakonec vyústila v pokus o zabití jejích vlastních potomků. Ti ji nakonec porazili a uvěznili a rozhodli se moc chakry využít k šíření dobra mezi lidmi.
Na této myšlence Mudrc vybudoval ninshu, víru v to, že chakra má lidi propojovat. Svoji moc využil k tomu, aby probouzel plamen chakry ve všech lidech. Bojechtivost je ale v lidském rodu příliš hluboce zakořeněna a tak, když lidé zjistili, že se chakra může používat jako zbraň, obrátili se opět proti sobě. Poselství ninshu bylo ztraceno, ale šíření chakry už nemohlo nic zastavit.
Období válčících států
Válka přetrvala. Z nositelů chakry se stali ninjové, elitní válečníci soustředění do myriády klanů, které se nechaly najímat na špinavou práci. Ta byla sice hlavním zdrojem jejich příjmů, ale také pramenem koloběhu bolesti a nenávisti, ze kterého se jen těžko mohly vymanit. Uzamčeni ve světě nekončících konfliktů, ninjové žili jen pro boj a z jejich konkurentů se rychle stali nepřátelé na život a na smrt, navzdory tomu, že se často střetávali v bojích za cizí věc.
Nejmocnější z klanů byly Senju a Uchiha, jejichž vzájemná nenávist měla prý kořeny už v dobách Mudrce, neboť zakladateli těchto klanů byli jeho dva synové, mezi kterými vládl rozkol o dědictví. Tato antipatie byla přiživována častými střety, neboť ve chvíli, kdy si některý z vládců najal jeden z těchto klanů, musel si jeho protivník najmout druhý, nebo čelit takřka jisté porážce. Střety a mrtvými, které byly jejich oběťmi. Mnoho z padlých bylo přitom ještě dětmi, protože žádný z klanů si nemohl dovolit oslabit své řady byť jen o jediného bojovníka.
Teprve, když se stali vůdci klanů Madara Uchiha a Hashirama Senju, byl tento spor, přinejmenším na čas, uzavřen a to navzdory krvi, která i mezi těmito bojovníky ležela. Hashirama byl vizionář, který Madaru strhnul k realizaci jejich dávného společného snu - vybudování společného útočiště, v němž budou moci mladí shinobi vyrůstat bez nutnosti od nejmladšího věku čelit smrti. Útočiště, které jim zaručí šťastné dětství a které bude pilířem míru mezi zeměmi.
Období vesnic a Velké války
Válka ale přetrvala. Navzdory tomu, že se Hashiramův sen proměnil ve skutečnost a vznikla první ze skrytých vesnic, Konohagakure no-sato, mír ve světě nezavládnul. V následujících letech se jednotlivé klany postupně koncentrovaly do podobných různě velkých vesnic, které jejich dětem zajistily bezpečnost a země se stabilizovaly, ale aby mohly vesnice vzkvétat, potřebovaly zdroj příjmů. A co jiného mohli shinobi nabídnout, než své bojové schopnosti?
Nemůžeme novému věku upřít pokrok a jisté je, že v následujícím staletí se ninjové proměnili z válečníků ve specialisty, schopné pro své zaměstnavatele plnit širokou škálu úkolů. Běžné obyvatelstvo se na ně mohlo obrátit pro ochranu a vévodové zemí nemuseli uzavírat smlouvy s jednotlivými klany, ale počítat s podporou konkrétní vesnice zavázané službě jejich zemi.
I tyto roky jsou ale poznamenány konflikty. Ty nejsou setrvalé, ale o to intenzivnější a často s krutými následky jak pro shinobi, tak pro civilisty. První z těchto válek, také zvaných Světové války shinobi, propukla nedlouhou po ustanovení Pěti velkých vesnic a to navzdory mírovým snahám prvního Hokageho. Vyrovnanost sil nově vzniklých vesnic vtáhla země do vleklých bojů, které vyústily v devastaci krajiny a vyčerpání lidí a nakonec příměří, které pomohlo vytýčit hranice mladých zemí.
Druhá válka následovala asi o dvacet let později. Větší část bojů probíhala na území menších zemí, které se začaly formovat na hranicích pěti velkých států a jejím výsledkem bylo mimo jiné osamostatnění těchto krajů a počátek jejich nevraživosti vůči svým větším sousedům. Tato nevraživost byla mimo jiné i kořenem Třetí války, která se rozhořela o další dvě desítky let později a byla mnohými považována za nejhorší ze všech. Pohraniční potyčky s menšími zeměmi byly jiskrami, které zažehly požár nebývalé síly a krutosti a zanechaly svět vyčerpaný a zdevastovaný.
Čtvrtá válka a Unie Shinobi
Válka přetrvala. Navzdory krutostem a bídě Třetí války, po které se Pět zemí zavázalo ke snaze udržovat mír za každou cenu, válka nevymizela ze života lidí, ať už jako zlá vzpomínka, nebo jako hrozba vznášející se v budoucnosti.
Čtvrtá válka byla ze všech nejzvláštnější, neboť spojila všechny velké shinobi národy proti jednomu nepříteli, i když jeho pravá identita byla skryta pod mnoha vrstvami intrik, táhnoucích se mnoho staletí do minulosti. Prvotní válku vyhlásila shinobi světu organizace Akatsuki, původně vedená Nagatem. Ten byl ovšem manipulován tajemným Tobim, který se později označoval za Madaru Uchihu, aby byl nakonec odhalen jako Obito Uchiha, o kterém se myslelo, že padnul v boji.
Samotný Obito byl ale také jen loutkou skutečného Madary. Stejného Madary, který uzavřel mír s Hashiramou Senju a založil první skrytou vesnici. Prokletí nenávisti, které bylo zdrojem moci Uchihů jej nakonec pohltilo a on se pokusil v několika bojích se svým největším rivalem vesnici ovládnout. Byl ale poražen a považován za mrtvého. Podařilo se mu ovšem přežít a zosnovat plán, díky kterému se navzdory smrti stářím vrátil v plné síle a v nejlepším postavení ovládnout svět.
Netušil však, že i on sám je ve skutečnosti jen nástrojem. Skutečným loutkařem v této hře byla samotná Králičí bohyně, která se připravovala osvobodit ze svého vězení a znovu ovládnout svět. Nakonec byl i tento nepřítel ale poražen a shinobi stáli na prahu nové éry míru. Ten měla mimo jiné hájit nově vzniklá Unie, spojenectví všech národů, které mělo předcházet válkám, pomoci rozdělovat zakázky a řešit konflikty mírovou cestou. K pěti velkým zemím a Zemi Železa se brzy připojilo mnoho dalších menších států.
Konec dlouhého míru
Během padesáti let po čtvrté válce žily jednotlivé vesnice v míru. Po válce bylo nutno věnovat mnoho energie do obnovy vesnic a zdevastované krajiny - práce bylo mnoho a všechny vesnice přitom byly velmi oslabeny. Odměny za splněné úkoly se vyšplhaly vysoko a v duchu navázané spolupráce přitom úkoly často plnily týmy složené ze shinobi z různých zemí. Byl to čas důvěry, prosperity a rozvoje. Nic ale netrvá věčně a po období prosperity vždy přichází období pádu
Nejdříve ubylo zakázek - vesnice obnovily svoji moc a úkolů přitom ubylo. Zakázky, které přicházely, byly rozdělovány těm nejlepším z nejlepších a do vztahů mezi skrytými vesnicemi se opět vkrádala konkurence. Hlavní komplikací se ovšem zdáli být samurajové ze Země Železa. Byli to oni, kdo díky předvedení své síly ve Čtvrté válce získávali na prestiži a díky tomu i vzrůstal zájem o jejich služby.
Nedostatek zakázek a narůstající ekonomická síla samurajů začala mezi vesnicemi vyvolávat první rozepře a potyčky. Nikdy ovšem nešlo o nich drastického. Vždycky se jednalo pouze o pouliční rvačky, nebo hádky během vykonávání úkolu. To se ovšem změnilo během události, jež je doposud známa mezi ninjy jako "Den rudé řeky".
S narůstající silou samurajů, rostla i v srdcích některých z nich jejich arogance a závist vůči ninjům. Jednoho dne se samuraj jménem yamukoichi hakke, rozhodl pro drastický krok. Během úkolu, na který si, zcela nevědom možných následků, najmul jeden z lordů tým ninjů i samurajů, se tyto dva týmy setkaly v hluboké rokli, kam pronásledovali nukenina jménem Shitzu. A zde Hakke pozvedl svou zbraň proti nic netušícím spolubojovníkům - ninjům, protože měl za to, že jejich čas je u konce a už se jen samurajům překáží. Roklí se toho večera valila rudá řeka krve.
Hakke nebyl jediný kdo takto smýšlel, a tento útok vyvolal mezi samuraji rebélii a několik stovek jich v tom čase sběhlo na jeho stranu. Začal vleklý boj a během něj padla spousta ninjů i samurajů, jak věrných, tak vzbouřenců. A během několika měsíců, během boje v lese krve, nakonec zemřel i yamukoichi hakke samotný. Podivná rebelie v řadách samurajů byla potlačena a bojovníci v železné zbroji přísahali, že nikdo takový již z jejich řad nevzejde. Ovšem škoda byla již napáchána.
Mezi ninjy zavládla nedůvěra. Vesnice začaly mezi sebou soupeřit a bojovat o jednotlivé zakázky mocných lordů. Během zbylých let, přerostl tento spor o bohatství v nefalšovanou studenou válku. Takové události jako byly chuuninské zkoušky, diplomatická jednání a podobné věci, musely být garantovány vesnicí, která nebyla na straně nikoho.